吉田善哉に購入されたサンデーサイレンスは日本へ輸入され、1991年から社台スタリオンステーションで種牡馬生活を開始した。種牡馬入りに際し、総額25億円（4150万円×60株）のシンジケートが組まれた[76]。シンジケートは満口となった[76][77]ものの、当初サンデーサイレンスの評価はさほど高くなかった上に種付料が1100万円と高額であったため、期待されていたほどの交配申し込みはなく、最も多く交配したのは吉田善哉が経営する社台ファーム千歳（現在の社台ファーム）に繋養されていた繁殖牝馬であった（吉田善哉の息子で社台ファーム代表の吉田照哉曰く、「最高の繁殖牝馬をすべて交配させた」[78]）が、その結果誕生した馬に対する同牧場の関係者の評価は高くなかった。1994年6月にデビューした初年度産駒は約半年の間に30勝（重賞4勝）を挙げたが、この活躍は社台ファームの関係者にとっても予想を上回ることであった[79]。なお吉田善哉はサンデーサイレンス産駒のデビューを見ることなく、1993年8月にこの世を去っている

サンデーサイレンスはその後も活躍馬を次々と輩出し、初年度産駒がデビューした翌年の1995年にリーディングサイアーを獲得。2世代の産駒だけでリーディングサイアーを獲得というのは中央競馬史上初の記録[† 6]である。以後2007年まで13年連続でリーディングサイアーに君臨した[† 7]。同じく1995年に種牡馬としての中央競馬獲得賞金記録を更新。その後もサンデーサイレンスは中央競馬における種牡馬に関する記録を次々と更新した（詳細については#記録を参照）。産出された12世代すべてからGI級競走優勝馬が登場し、産駒は日本の中央競馬のGI級競走のほとんどを優勝（NHKマイルカップ[† 8]とジャパンカップダート[† 9]、中山グランドジャンプ[† 10]、中山大障害[† 11]が未勝利）した。